Γι’ αυτό το λόγο διενεργείται σε άτομα που έχουν ανάγκη πολύ μεγάλης απώλειας βάρους, και σε περίπτωση διατροφικών συνηθειών που θα οδηγούσαν σε αποτυχία μια από τις συνηθισμένες μεθόδους απώλειας βάρους.

 Η επέμβαση εκτελείται λαπαροσκοπικά με 5 μικρές τομές. Αρχικά διαχωρίζουμε ένα μικρό τμήμα του ανώτερου στομάχου χωρητικότητας γύρω στα 40-50ml, από το υπόλοιπο στομάχι. Στη συνέχεια διαχωρίζουμε το λεπτό έντερο, ενώνουμε με το περιφερικό τμήμα του στο μικρό τμήμα του στομάχου, και συνδέουμε το κεντρικό τμήμα ξανά με το έντερο σε πιο απομακρυσμένο σημείο. Το αποτέλεσμα είναι, η τροφή που καταναλώνει ο ασθενής να μπαίνει στο μικρό τμήμα του στομάχου και να το γεμίζει γρήγορα με αρκετά μικρές ποσότητες προκαλώντας αίσθημα πλήρωσης. Στη συνέχεια η τροφή διέρχεται από τμήμα λεπτού εντέρου μήκους 1 μέτρου περίπου (τροφική έλικα), στο οποίο δεν αναμειγνύεται με γαστρικά υγρά, παγκρεατικά υγρά και χολή, με συνέπεια να μην απορροφάται. Παράλληλα, τα υγρά που βοηθούν στην πέψη διέρχονται από τμήμα εντέρου μήκους περίπου 1 μέτρου, στο οποίο δεν αναμειγνύονται με τροφή (χολοπαγκρεατική έλικα). Οι ασθενείς ξεκινούν να πίνουν υγρά το απόγευμα μετά την επέμβαση, και παίρνουν εξιτήριο μετά από 2-3 ημέρες εφόσον μπορούν να σιτίζονται ικανοποιητικά. Ακολουθείται ειδική διατροφή για 4-6 εβδομάδες, και διαιτολογική παρακολούθηση ανά τρίμηνο.

Η επέμβαση αλλάζει εντελώς την ανατομία και το μεταβολισμό του ασθενούς, καθώς το μικρό μέγεθος του υπολειπόμενου στομάχου χωράει λιγότερη τροφή, ενώ η ανάμειξη τροφής και υγρών της πέψης και άρα η απορρόφηση θρεπτικών στοιχείων, συμβαίνει στο σημείο ένωσης των δυο τμημάτων του εντέρου, αφού έχουν παρακαμφθεί 2 μέτρα λεπτού εντέρου. Το αποτέλεσμα είναι ο ασθενής να νιώθει γεμάτος με λιγότερη τροφή, η οποία απορροφάται λιγότερο από το έντερο, και αποδίδει λιγότερες θερμίδες στον οργανισμό. Αν δε ο ασθενής καταναλώσει γλυκά ή λιπαρές τροφές, αυτά δεν απορροφούνται, και μπορεί να προκαλέσουν διάρροιες, αναγκάζοντας τον έτσι να συμμορφωθεί στις διαιτολογικές οδηγίες. Σημαντικό ρόλο φαίνεται να παίζουν και αλλαγές στις εντερικές ορμόνες. Μετά την επέμβαση μειώνονται τα επίπεδα Γκρελίνης που είναι η ορεξιογόνος ορμόνη του στομάχου, και το GLP-1, που βελτιώνει το μεταβολισμό της γλυκόζης και εμπλέκεται στην αντιμετώπιση του Σακχαρώδη διαβήτη τύπου 2.

Το Γαστρικό Bypass οδηγεί σε σημαντική απώλεια βάρους, της τάξης του 70-80% του Επιπλέον Σωματικού Βάρους, ενώ πολλοί ασθενείς καταφέρνουν να επιστρέψουν σε εντελώς φυσιολογικό βάρος. Η μεγαλύτερη απώλεια βάρους συμβαίνει τους πρώτους 6-12 μήνες. Η πλήρης αλλαγή του μεταβολισμού, μέσω μείωσης της όρεξης και μικρότερης απορρόφησης τροφών, εξασφαλίζει υψηλότατα ποσοστά επιτυχίας ανεξαρτήτως διαιτητικών συνηθειών, με πολύ μικρή πιθανότητα υποτροπής της παχυσαρκίας, με την πιθανή επαναπρόσληψη βάρους στην πενταετία να είναι κάτω του 5%.

Η επέμβαση είναι τεχνικά περίπλοκη και απαιτεί πολύ προχωρημένες λαπαροσκοπικές ικανότητες από την πλευρά του χειρουργού, καθώς και πολύ καλά οργανωμένη και έμπειρη ομάδα. Η πλήρης αλλαγή της ανατομίας του γαστρεντερικού, όσο κι αν φαίνεται τρομακτική, είναι πλήρως αναστρέψιμη εφόσον αυτό είναι επιθυμητό, ή σε περίπτωση υπερβολικά μεγάλης απώλειας βάρους. Το μειονέκτημα του Γαστρικού  Bypass είναι η πιθανότητα ανεπάρκειας βιταμινών και ιχνοστοιχείων. Στις περισσότερες περιπτώσεις αντιμετωπίζεται με προληπτική καθημερινή λήψη ενός πολυβιταμινούχου συμπληρώματος διατροφής. Η δια βίου διαιτολογική παρακολούθηση είναι απαραίτητη, ώστε να προλαμβάνονται ελλείψεις θρεπτικών στοιχείων, να αναγνωρίζονται και να θεραπεύονται εφόσον εκδηλωθούν, αλλά και για να αποφευχθεί η επαναπρόσληψη βάρους σταδιακά μετά την επέμβαση. 

Οι περισσότεροι ασθενείς που υποβάλλονται σε Γαστρικό Bypass, λόγω της ταχείας και σημαντικής απώλειας βάρους έχουν ανάγκη πλαστικού χειρουργού για επιδιόρθωση του επιπλέον δέρματος που παραμένει.